桓玄已坐拥东晋的疆土的三分之二，倒也有足够的实力造反，只是他本人并非雄才，单纯靠运气是不能夺取天下的。
桓玄的运气可是比其父桓温好得多了，稀里糊涂地成了长江一霸，东晋一哥，如果细数其崛起之路，又确实是乏善可陈，既没有广阔的胸襟，也没有长远的眼光，只是靠着桓温兄弟遗留的名望，和司马道子父子的倒行逆施，终于见缝插针，搏得大权加身。
换一种迷信点的说法，或许桓玄的出现就是为了弥补桓温当年的遗憾而已。
现实点来看，桓玄已四处让人寻找祥瑞，以此迷惑人民，又写信给会稽王司马道子施压，信上说：“盗贼逼近京都城外，因受逆风的阻挠，不能前进，又因连绵大雨的影响，不能纵火，而且粮秣吃完，不得不退，并不是力竭战败！
从前王国宝死的时候，王恭并没有趁着威势到京城接管朝廷，足以证明他对阁下并没有欺凌的意思，而你竟指控他不忠，而今掌管权力中枢的心腹亲信，名望才华双全的有几个？
说白了并不是没有这种人，只是因为你不能信任他们！
冰冻三尺，非一日之寒，正是因为你不断的犯错，终于铸成今天的大祸，朝廷官员都怕受到报复，所以不敢多言，我有幸在遥远的地方供职，所以敢于揭露事实真相。”
敢这么与王室贵胄说话，自然不是因为距离遥远，而是因为手握重兵，有足够的实力指责非议。
司马道子并没收到信，司马元显代为拆阅了，看完后大为惊恐，与智囊张法顺商议对策，张法顺说：“桓玄继承了几代的名望，这个人一向又有豪迈之气，既吞并殷仲堪和杨佺期，独霸荆楚，阁下所控制的不过三吴，孙恩叛变，更让东方的土地一片荒凉，朝廷和民间都陷于贫乏穷困，桓玄一定会利用朝廷的弱点，放纵他的奸恶凶暴，我心中十分忧虑。”
这种问题不用说，大家也都心知肚明的，文人墨客总喜欢卖关子，让人很不爽，司马元显沉着脸问：“嗯，是，那你说，我该怎么办？”
张法顺清了清嗓子，回说：“桓玄刚得到荆州，人心还没有完全归附，正在努力安抚经营，来不及打远处的主意，如果趁此机会，让刘牢之担任先锋，而阁下亲率大军随后前进，一定可以把桓玄捕获。”
这么说还差不多，司马元显深以为然，暗中开始筹划。
武昌郡长庾楷，并不看好桓玄，认为将来的大战中，朝廷一定能大获全胜，担心灾祸降临到自己头上，于是派出密使向司马元显报告：“桓玄严重丧失人心，部众不肯听命，如果政府派军讨伐，我可以作为内应。”
司马元显大喜过望，迅速派张法顺到京口，与镇北将军刘牢之密谋，但刘牢之却面露难色，认为讨伐桓玄有重大困难。
张法顺识趣地原路返回，告诉司马元显：“观察刘牢之的神色，意志并不坚定，只怕将来会不受控制，最好把他召回京城诛杀，不然将破坏大事。”
司马元显目前只能依靠刘牢之的北府兵，岂能轻易杀他，虽然刘牢之不怎么支持讨伐桓玄的行动，但料想也不会阻挠，于是大肆整顿水师，招募战士，建立舰队，准备对桓玄采取军事行动。
402年正月1日，经过几个月紧锣密鼓的备战，司马元显正式以司马德宗的名义下诏宣布南郡公、荆州督导官桓玄的罪状，并任命自己为骠骑大将军、全国剿匪总司令官、全国各军区总司令长官，假黄铖，又任命镇北将军刘牢之为前锋司令官，前将军、谯王司马尚之为后卫，晋升会稽王司马道子为皇家师傅，下令中外戒严，大军即刻开拔，西上讨伐桓玄。
这时张法顺提议说：“骠骑将军府的军政官桓谦兄弟，虽然在京城，可是却一直做长江上游的耳目，应该先行斩决，杜绝阴谋！刘牢之反复无常，万一发生变化，大祸立刻来临，不妨让刘牢之杀了桓谦兄弟，表示忠心，如果刘牢之不肯听命，就证明他心怀不轨，应该先杀以绝后患。”
司马元显心说这刘牢之招你惹你了，老是打人家的主意，坚决拒绝道：“今天除非是刘牢之，没有第二个人可以与桓玄为敌，而且军事行动刚开始，就诛杀大将，岂不自乱军心！”
张法顺再三坚持，司马元显则再三拒绝，张法顺没办法，只得退一步，说要诛杀京城里的桓氏族人，以杜绝他们与桓玄结合，司马元显仍旧不同意。
因为桓家几世以来都在荆州颇有威望，桓冲的名气尤其响亮，深受当地百姓的爱戴，而桓谦正是桓冲的儿子，司马元显非但不杀桓家人，反而擢升桓谦为荆益梁宁四州军区司令长官、荆州督导官，以此收买上游的民心。
桓玄本以为朝廷内部的严重问题太多，无暇对付自己，有大把时间养精蓄锐，想不到讨伐令突然发布，倒是打个他措手不及，打算坚守江陵，再见机行事。
秘书长卞范之顿时有种恨铁不成钢的冲动，一脸焦躁地说：“阁下英明神武，威名传播四海，司马元显乳臭未干，刘牢之早已失去民心，我们大军如果能挺进到京畿，明白指出祸福利弊，朝廷大军势必立刻土崩瓦解，怎么反而想坐等敌人深入心脏，自寻绝路！”
桓玄顿感惭愧，于是让桓伟留守江陵，一面上疏抗辩，一面发出号召，指控司马元显的罪行，动员武装部队顺长江东下。
因受到孙恩的影响，京畿附近发严重的饥荒，桓玄又封锁了长江，商贩旅客，全都断绝，官府和民间，物资陷于极端匮乏，军粮也不能维持，只能用谷皮橡果发给士卒果腹，司马元显看到桓玄的奏章后，更是大为惊恐，登上军舰却并不敢出发。
桓玄走到半路，忽然又有点害怕了，担心不能成功，搞不好会落个家破人亡，幸亏卞范之一直为他打报加油，总算没有半途而废，一直行进到寻阳，仍看不见朝廷的军队，桓玄终于完全放心了，料定此战必胜无疑，士气也跟着振奋不少。
2月18日，司马元显彻底崩溃了，仓促之间以安帝的名义下诏让齐王司马柔之，携带驺虞幡西上，阻止荆江二州的水陆联军，让他们就地复员解散。
这当然是个美好的愿望，想不战而屈人之兵，但在桓玄看来，司马元显简直在开国际玩笑，司马柔之甚至都没来得及拿出朝廷的诏书，就被砍了脑袋。
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