再度控制局面，会稽王世子司马元显终于可以放轻松了，有刘牢之把守，孙恩终究成不了什么大气候。
400年底，司马元显以安帝司马德宗的名义下诏，任命自己开府仪同三司、扬豫徐兖青幽冀并荆江司雍梁益交广十六州军区司令长官，兼徐州督导官，封儿子司马彦璋为东海王。
几天后，因天上星象发生变化，司马元显主动解除了主管朝廷机要的职务，但很快又加授政府最高行政长官。
这孩子玩得不变乐乎，让朝廷官员大为苦恼，政府文官部长车胤，愤愤不平地找到会稽王司马道子，请求他出面好好管一管无法无天的儿子，可是司马道子整天浑浑噩噩，美酒已占据了他所有生活空间，哪有工夫管儿子呢，车胤最终无功而返。
但这件事让司马元显听说了，气势汹汹地问他爹：“车胤是不是想离间我们父子感情？”
司马道子不置可否，只顾拼命饮酒度日，司马元显一怒之下派人冲到车胤的府上，用暗示加强迫的手段让车胤自杀。
到了401年2月1日，孙恩再度出手，从浃口进攻句章，被刘裕击退，刘牢之得到消息，立刻与刘裕会师，发动大规模反攻，孙恩重新退回海上。
这之后，孙恩又进行了数次尝试，全都无功而返，于是决定绕过句章，向北直扑海盐。
刘裕发现了敌人的动向，立刻率领机动部队尾随追击，干扰变民的行动，并抢先在海盐老城构筑阵地，等到孙恩大军赶到，一时不能攻克，反而死伤惨重。
但城中的政府军到底太少，时间一长，终究很难抵挡，刘裕便连夜把军旗收起来，派精锐部队全部藏匿埋伏，到了第二天，下令大开城门，并让几十个老弱残兵登上城墙。
变民大军很快又来攻城，发现这种阵势，忍不住问城上的士兵：“刘裕在哪里？”
士兵回说：“昨夜已逃了。”
城门大开，军旗全无，城上的守军也都是老弱病残，不由得变民不信，立即一拥入城，结果被刘裕埋伏的精锐伏兵打得落花流水，孙恩无奈之下只得放弃海盐，继续向北推进，攻击沪渎。
刘裕也放弃海盐，继续尾随追击。
海盐县长鲍陋得知刘裕的战绩后，非常兴奋，准备派儿子鲍嗣之，率县里的士卒一千人担当讨伐变民的先锋。
刘裕察看了一下这一千人的队伍，婉拒说：“贼寇的军队十分强悍，如果前锋失利，势将影响我们的主力部队，你既有心为国杀敌，最好作为殿后，壮一壮我军声势也是好的。”
鲍嗣之不甘示弱，也不理会刘裕的部署，奋不顾身地领兵突击。
刘裕没办法，只好在沿途埋伏大量军旗和战鼓，等到鲍嗣之与变民交锋，刘裕亲自高举军旗，狂擂战鼓，变民以为陷入包围，立即撤退。
但此时敌众我寡的形势并未变化，鲍嗣之却认定建立大功证明自己的机会来了，不顾刘裕的制止，驱动全军发动追击。
变民集团跑了没多远，就意识到政府军的人数并不多，于是又折返回来，将鲍嗣之的队伍击溃，甚至斩了鲍嗣之本人。
如此一来变民士气更加高昂，向刘裕发起猛攻。
刘裕一时不能招架，且战且退，所率军队几乎全部伤亡，好不容易到了发动伏击的地方，刘裕让残余的部众剥去死者的衣服，然后整整齐齐地摆在旁边。
变民很快追到，但见眼前的情景，怀疑有什么诡计，不敢立刻进击，刘裕突然大喊，率领部众反攻，变民不明底细，仓惶撤退，刘裕也迅速撤离战场。
外援退去，沪渎不久便被孙恩攻克，吴国郡长袁崧阵亡，部众杀伤四千多人。
6月1日，孙恩终于清除了进入内陆的障碍，准备从海上进入长江，突击丹徒，此时已拥众十余万人，战舰也有一千多艘。
变民声势浩大，建康城内外全都戒严，冠军将军高素，驻防石头，辅国将军刘袭，用木栅切断淮口，建康市长司马恢之，在长江南岸布防，冠军将军桓谦，驻守白石，首都东区卫戍司令官王嘏，负责保护宫廷，司马元显仍不放心，又征召豫州督导官司马尚之返京协防。
孙恩既从北路进击建康，南路防线的镇北将军刘牢之也便没有驻防的必要，从山阴出发，率军北上阻截，可惜没能赶上，便让刘裕从海盐紧急驰援。
刘裕此时的兵力不足一千人，人数少的好处是行军速度快，得到军令后，快马加鞭，日夜前进，终于和孙恩同时抵达丹徒。
但人数人的缺点当然也是非常明显的，而又长途跋涉，体力不继，虽然与敌人遭遇，却并不能迅速扭转局面，孙恩也瞧不起刘裕那么点兵力，无意在当地纠缠，亲率大军登上蒜山，向建康直扑。
变民的船舰高大笨重，又值逆风而上，几天后才只到达白石。
孙恩原以为政府军分散各地，兵力不能集中，打算趁此良机发动突击，却不知道竟在半道上耽搁了那么久，而豫州督导官司马尚之已领兵入城，刘牢之也正在北上的路上，过不了几天就会被三路军队包围，看着手下的那一根根锄头铁棒，自知很难抵大批正规部队的剿杀，虽然遗憾，但也只得先行撤退，由海道北上，直扑郁洲。
政府军不久便会集京城，司马元显终于恢复了底气，听从刘牢之的建议，任命刘裕为下邳郡长，前往郁洲讨伐孙恩。
刘裕的部众得到补充，士气高昂，连战连胜，大破变民集团，孙恩被迫沿海南下，刘裕则采取一贯的策略，一路尾随追击，一直把孙恩赶到海岛才罢休，斩杀数万变民，虽没能彻底铲除孙恩集团，但也对其造成了极其严重的伤害。
东晋政权再度转危为安，但新的威胁正在步步逼近。
荆州督导官桓玄，一直厉兵秣马，密切观注着朝廷的变化，听说孙恩逼近京城时，立即竖起军旗，上奏朝廷要求东下讨伐，实则想趁机控制建康。
司马元显知道他的小心思，正巧孙恩退走，急忙下诏制止，桓玄才解除了戒严，但也不可能就此松手，接着上疏推荐哥哥桓伟担任江州督导官，镇守夏口，军政官刁畅，担任辅国将军、八郡军事指挥官，镇守襄阳，另派将领皇甫敷、冯该，驻防湓口，强迫把沮水、漳水一带的少数民族二千户人家，迁到长江以南，设置武宁郡，又招徕流亡的难民，设立绥安郡。
一系列的动作，目的性极强，就是培植自己的势力，与建康当局对抗，司马元显意识到上游已完全不受控制了，赶紧下诏让自己人广州督导官刁逵和豫章郡长郭昶之回京，能能争取两个算两个。
但桓玄却并不松手，严令把二人留下来，不准动身，公然抗命，中央与地方之间终于到了剑拔弩张的时刻。
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