与北齐一样，南陈也有很大的政治缺陷，只不过二者略有差异，北齐是因为新任统治者荒淫无道，而南陈则是因为立国根基不稳。
陈茜继位之后，尽力让国民休养生息，也颁布了不少利国利民的好政策，算是这段历史上不错的君主，但他的这些努力仍不能弥补南陈的先天不足。
陈霸先当初依靠武装力量勉强在长江下游组建新的领导班子，但他没有背景，更没有名望，对于新的国家而言，缺乏足够的凝聚力，更没有号召力，许多江东土著和地方军阀，都是迫于形势，临时向南陈称臣。
就像联邦和邦联的区别，南陈最初那些年实际不算一个真正意义上的国家，更像是一帮军阀临时组成的松散联盟，当成员的切身利益遭到或是即将遭到侵犯，分裂是避免不了的。
南陈自立国以来，建康当局一直没有停止镇压各处的叛乱，问题的根源就在于此。
陈霸先刚刚称帝时，为了拉扰当地土豪留异，特别把女儿丰安公主嫁给他的儿子留贞臣，并征召留异当南徐州州长，留异当时推拖不肯离开根据地，陈霸先为避免爆发冲突，所以也没有强求，但留异一直心存异志。
陈茜上位之后，仍让留异当缙州州长、东阳郡长，留异之后经常派秘书长到建康晋见，秘书长暗中查控建康的虚实，回报留异说中央**无力，留异于是另有所图。
击退王琳之后，陈茜对留异心存忌惮，派首都东区卫戍司令官沈恪，前往接替留异的官职，留异直接派军队在下淮构筑营垒，拒绝沈恪前进。
但留异很快上疏陈茜，解释与沈恪的误会，请求对自己处罚，陈茜也因兵力一时难以集中，所以下诏安抚。
这种貌合神离的状态持续了几个月之后，留异知道中央迟早要攻击自己，于是在下淮和建德驻扎军队，戒备中央水军。
561年12月15日，陈茜正式下诏让最高监察长、南徐州州长侯安都，率军讨伐留异。
562年初，陈茜征召周迪移驻湓城，并让他的儿子到建康当人质，周迪既不前往湓城，也不送儿子当人质，暗中与留异结合。
闽州州长陈宝应是留异的女婿，也站在留异这边，与中央决裂。
各地的割据势力中，只有一个豫章郡长周敷，仍向南陈效忠。
3月8日，陈茜任命安右将军吴明彻为江州州长，率高州州长黄法氍、豫章郡长周敷，共同讨伐周迪。
周迪没能支撑太久，不到一年，便投奔晋安，依靠闽州州长陈宝应。
留异原本以为中央水军会从钱塘逆富春江而上，想不到侯安都率步兵从诸暨攻击永康，留异紧急带人逃往桃枝岭，在悬崖绝壁上筑城，树立栅栏，阻止侯安都前进。
正逢山水倾泻，河水爆涨，侯安都借机率舰队直入堤内，制造高楼战舰，与留异的城墙一样高，然后大举攻城，留异不敌，与儿子留贞臣一起投奔晋安的陈宝应。
这一战，侯安都俘虏了留异的妻子和儿女，接收所有铠甲武器，可谓大获全胜，回军之后，得意之情溢于言表。
因为现任皇帝是侯安都一手扶立起来的，再加上累年的战功，侯安都原来就有点轻佻的性情变得越发不可一世，经常聚集文臣武将，在一起骑马射箭，吟诗作赋，招待的宾客动辄一千多人。
榜样的力量是无穷的，不管正面还是负面，侯安都的部属也多是违法乱纪之徒，有时遭到政府通缉，就躲到侯安都家里避难。
陈茜怀揣满腔热情治理国家，当然不会坐视这种阴暗的事情不理，只因侯安都确实劳苦功高，所以并没有立即发作，而是给他个改过自新的机会。
古往今来无数次实例证明，任何人犯了任何错误，主动改正的机率几乎为零。
侯安都根本从未意识到自己哪里做错了，依旧我行我素，呈递奏章时已封好了口，有时发现忘了一些事，就随意打开封口，提笔在奏章上另行备注“再启……”。
之后没多久，侯安都出席宫中御宴，酒至半酣，两腿叉开，斜靠在几案上，流里流气地问陈茜：“比起当临川王，怎么样？”
陈茜知他醉了，不予回答，侯安都再三追问，陈茜随口说：“虽是天命，但也依靠你的努力。”
侯安都大笑起来，继续饮酒。
宴会在尴尬中结束，侯安都却不以为意，请求把所有帷帐、御船及其他装饰物借给他用，打算让他的妻妾内眷在御堂继续举行宴会。
陈茜虽然满口答应，但心里越发不痛快。
第二天，侯安都真的就坐在皇帝的御座上举行了私人宴会，宾客则坐在臣属的位子，举杯向他敬酒。
就在当天，重云殿发生火灾，侯安都抛下宴席，亲率将士前往救火，全副武装闯入宫殿。
如此种种，陈茜终于忍无可忍。
563年5月，陈茜下诏让侯安都当江州州长，侯安都于是从京口返回建康办理调职手续，所率部队暂时驻扎石头。
6月，陈茜邀请侯安都到嘉德殿出席御宴，同时让侯安都的部下将领在中央政府办公厅集合，然后就在宴会上逮捕侯安都。
侯安都享年44岁，被强迫自杀之后，妻子儿女得以保全，丧葬费用也由政府承担，算是陈茜对他的回报了。
得知侯安都的死讯，南陈国内的反对势力重新活跃，周迪率先越过东兴岭攻击政府。
侯安都死后，南陈确实没什么有名望的将领了，诸如章昭达、吴明彻、程灵洗这类二线角色得以出头，但反对派显然并没把他们放在眼里。
轻敌的下场只有一个，周迪对此深有体会。
9月10日，陈茜任命护军将军章昭达率军讨伐周迪，双方于11月1日展开决战，章昭达大获全胜，周迪只身潜入深山峻谷躲避。
12月6日，章昭达乘胜东进，越过东兴岭，直指建安，讨伐闽州州长陈宝应，陈茜下诏让益州州长余孝顷，率会稽、东阳、临海、永嘉各郡水军，由海路东下与章昭达会师。
到了564年，潜逃的周迪突然从东兴岭出现，并占领宣城郡，大有卷土重来之势。
南豫州州长、西丰侯周敷负责围剿周迪的残余力量，进军到定川，与周迪开始对峙。
二周是同族，在侯景之乱期间也曾并肩作战，周迪借此游说周敷：“从前我与你同心协力，共建功业，怎么会想到有一天竟然互相伤害，现在我深知错误，准备前去中央认罪，但要先向你表达我的诚意，希望你能出来与我共结盟誓。”
周敷想起昔日种种，心肠一软，答应了对方的请求，而就在他举步要登上神坛之时，周迪终于露出了狰狞的獠牙，亲自动手砍下他的脑袋。
主帅一死，政府军宣告崩溃，周迪完胜这一场。
与此同时，章昭达正与陈宝应较量着。
章昭达第一波进攻不顺，转而据守闽江上游，让士卒砍伐木材，大量制造木筏，在木筏上设置撞击长竿。
碰巧天降大雨，闽江水位猛涨，章昭达放出所有木筏，借着水势把陈宝应的水上栅栏全都撞毁，正要会战时，余孝顷的舰队赶到，双方合力进入闽江，发动水陆联攻，陈宝应惨败。
11月5日，章昭达生擒陈宝应、留异及其同族同党宾客，全都押往建康受审，除了留贞臣是驸马的缘故，其他人一律处死。
至此反对派大势已去，不久之后，司令官程灵洗沿鄱阳小路袭击周迪，周迪率部属十余人再度逃进深山。
这十几人根本看不到任何希望，苦苦坚持数日之后，终于崩溃，把周迪五花大绑，一起出去投降。
565年7月6日，周迪被押往建康斩首示众，南陈的内乱也宣告中止——当然并不是“终止”。
周迪这些人算是历史遗留问题，因为在南陈立国之初，这些人就像定时炸弹一样威胁着这个新生的政权，现在炸弹解除，日后再出现的危机就是集团内部的衍生问题了。
大概从刘宋时代开始，南方一直不缺轰轰烈烈内乱，南陈虽然“疆域是前朝的一半、人才凋零、经济落后”，但还是很好地延续了这一不良传统。
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