石头城是建康西北的门户，如今门户先丢了，建康随即陷入重大的危机。
虽然司马睿紧急下令让刁协等人奋力争回石头，但终于无济于事，建康很快也被攻陷，整场战争基本没用多久就结束了。
就像北方的洛阳和长安，建康也遭到了士兵们的抢掠，当然相比北方而言，这些抢掠温和多了，而且王敦特别吩咐不许接近皇宫和太子宫。
但太子司马绍仍旧十分愤慨，亲自驱动战车就要上阵杀敌。太子宫的高级助理官温峤吓坏了，连连劝阻他：“殿下是帝国储君，为了天下，怎么可以把自己看得这么轻！”司马绍血气方刚，执意要出动，温峤只得抽出佩剑砍断了缰绳才算停止。
皇宫的司马睿则心灰意冷地脱下铠甲，换上了平时穿的黄袍，看着宫外茫然地说道：“想要得到这个位置，就早一点说出来，何必把人民害到如此地步。”接着派人劝王敦：“阁下如果仍不忘国家，请从此停止战斗，天下还可以共同治理，如果不愿这样，我就回到我的封国琅邪，让出贤才上进之路。”
石头城里的王敦看到司马睿的书信，得意之情溢于言表，但并没有做任何回复。
很快战败的刁协和刘隗逃进皇宫，君臣三人抱头痛哭，司马睿劝他们趁着还来得及，赶紧外出逃命去吧，认为自己终究是一国之君，应该不会有生命危险。于是刘隗匆匆逃往后赵，后来出任太子师傅，并在任上死去，刁协则在逃亡途中被杀，人头送到王敦处。
这时候宫里已没多少官员，司马睿让他们一同去晋见王敦，不想再做无意义的抵抗。
王敦煞有介事地问戴渊：”我今天的这个举动，天下人会有什么看法？”
戴渊则不假思索地回说：“仅在外表来看，估计都会说你叛逆，但如果从内心探讨，时间一久，自然也会肯定你的忠心。”
王敦很高兴，接着又对周顗说：“伯仁，你可对不起我！”因为当初周顗被杜弢打得十分狼狈，若不是王敦发兵相助，可能已经挂了。
但周顗显然并不领情，战争虽败，气势不能败，趾高气扬地说说：“阁下驱动战车，冒犯皇家，我亲率六军不能阻止，反而使皇家部队失败，因此对不起你。”
王敦了解他的臭脾气，而且还要用他稳定朝政，于是也没发作，尴尬地笑笑就算了。
接着王敦见了弟弟王导，二人更是有说不完的话，王敦此时仍不忘嘲讽地跟他说：“当初我就说找个年轻点的娃娃当皇帝，结果你非要立一个四十多岁的家伙，结果几乎让我们王家全族都被屠杀。”王导只能默然，内心悲愤之极。
当然此时仍不算晚，王敦的计划是先把太子废掉，然后把司马睿毒死，之后再另立一个小娃娃当皇帝，自己一手辅政，等过个一年半载再实行禅让，大功就此告成。
可是太子不能无缘无故废掉，为了堵住天下人的悠悠之口，必须要找个恰当的理由。
魏晋时期尤其讲究孝道，于是王敦想诬陷太子司马绍不孝，以此把他废黜，。为了以策万全，他找到了温峤，问太子有没有什么可以称道的品德，结果温峤说的太子特别好，智勇双全，文武兼备，尤其对司马睿十分孝顺。
王敦语塞，心想这条路是行不通了，只能暂时先忍让，再等更加合适的机会。
3月18日，虽然自己受了很大委屈，但司马睿为了让王敦冷静下来，还是下诏封他为为丞相、全国各军区司令长官、主管朝廷机要、江州州长，武昌郡公。王敦是要自立的，对这些封赏一律推辞。
司马睿更加恐惧，心想这么高的官位还不能满足，看来铁了心要篡位了，于是暗中找周顗商量对策。周顗根据多日的观察，认为皇宫和太子宫应该已经平安，但臣属的命运尚未可知。司马睿已无实权，只得劝周顗暂时避避风头，留得青山在，不怕没柴烧。但周顗决心与晋王朝共存亡，绝不退缩。
很快他就如愿了。
王敦的参议官吕猗劝王敦应该把朝中有名望的大臣全都诛杀以绝后患，戴渊和周顗这两人尤其不能留。王敦略感可惜，便询问王导：“周、戴二人在南北两地拥有很高声望，请他们当宰相级官员，应该可以胜任吧？”
王导因为还在为周顗之前的事而怀恨在心，一时纠结挣扎，于是沉默以对。王敦又问他：“如果不能给他们宰相级官位，难道只能当政府最高行政长官，或是副行政长官？”王导仍旧不答茬。
王敦叹息道：“如果不这样，就只有诛杀了。”王导终于动容，但仍是不置可否。而不回答的意思多数情况下就是默认了，王敦于是下定主意。
3月23日，戴渊和周顗同时在家中被抓，并押赴刑场问斩。在经过皇家祭庙时，周顗大声疾呼：“贼臣王敦，颠覆国家，枉杀忠良，神明若是有灵，就快杀了他！”
行刑队不堪聒噪，拿起铁矛猛刺他的嘴巴，周顗顿时成了血人，嘴里却仍在嘀咕着，旁人虽听不清楚，却也知道绝对不是哭喊求饶的声音。
按电视剧的情节，此时一般会有个“刀下留人”的圣旨飞速送到刑场，但其实周、戴二人并没有这种奇遇，全都人首异处而死。
司马睿虽然悲伤，但在矮檐下只能选择低头了，派高级咨询官王彬去慰劳王敦。王彬因为和周顗的关系很要好，于是先去哭祭周顗，然后才到王敦的府上。王敦见他一脸的泪痕，问是怎么回事，王彬回说：“刚才哭周顗，情不自禁。”王敦顿时火冒三丈：“周顗自己找死，而且他只是把你看作平庸之辈，你有什么可悲哀的？”
王彬不以为然地说：“周顗是个厚道的长者，也是你亲近的好友，在朝廷中不时发表正直的言论，而且从不结党营私，想不到竟遭此横祸！”越说越悲愤，指责王敦：“你兴兵冒犯君王，谋害忠臣，大祸就要临门了。”
情到深处，王彬已忘了自己是来安抚对方的了，反而让王敦大为恼怒：“你竟敢如此猖狂，真以为我不敢杀你？”
王导此时也在场，连忙劝王彬道歉，谁料王彬越劝越勇：“脚痛，不能叩拜。”
王敦咬牙切齿地说：“脚痛，脖子痛，哪个更严重？”王彬不屑一顾，也不行礼就毅然离席。王敦当场就要动手杀他，王导连连劝阻，说是皇帝派来的人，现在杀了他可就真是坐实叛逆之名了，王彬这才逃得一命。
王彬本也是王氏族人，和王敦、王导是兄弟平辈，但因为周顗的死竟反目成仇。后来王导整理朝廷的文件资料，意外发现了周顗当初为自己申诉的那篇奏章，这才意识到原来司马睿能改变态度，自己和族人能免遭不幸，竟全是周顗的功劳，一时悲愤，哭诉道：“我不杀伯仁，伯仁因我而死啊！幽冥之中，辜负了此等挚友！”
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